B Productions scientifiques
Quantifying the impact of tree choice in metagenomics differential abundance studies with R
Ce poster a été présenté à UseR! 2019, et a remporté le premier prix dans la catégorie Biostatistique.
Incorporating Phylogenetic Information in Microbiome Differential Abundance Studies Has No Effect on Detection Power and FDR Control
Cet article a été publié dans Frontiers in Microbiology.
Hierarchical correction of p-values via a tree running Ornstein-Uhlenbeck process
Cet article a été soumis et est disponible sur arXiv.
Packages R
yatah
Lorsque l’on travaille avec les données taxonomiques, il est courant d’avoir des lignes taxonomiques écrites sous la forme k__Bacteria|p__Firmicutes|c__Bacilli pour décrire les différents clades auxquels appartient un taxon donné. {yatah} fournit une série de fonctions basées sur des expressions régulières pour manipuler de telles lignées : filtrer les lignées appartenant à un clade spécifique, ne conserver que le dernier rang ou encore créer la table et l’arbre taxonomiques associés. Au moment de la rédaction de ce manuscrit, la version \(0.1.0\) est disponible sur le CRAN.
evabic
{evabic}, pour EVAluation of BInary Classifiers, permet de calculer facilement des métriques associées à des procédures de classification binaires, typiquement rejet ou non de l’hypothèse nulle. Il a été conçu pour bien s’intégrer dans une logique de code orienté {dplyr} et {tidyverse} (Wickham et al., 2019). Au moment de la rédaction de ce manuscrit, la version \(0.0.3\) est disponible sur le CRAN.
correlationtree
La création de l’arbre des corrélations proposée dans la section 3.3.3 a été implémentée dans le package {correlationtree}. Au moment de la rédaction de ce manuscrit, la version \(0.0.3\) est disponible sur GitHub.